Από την στιγμή που εισέρχεται μία ουσία στον οργανισμό, υπόκειται στις φυσικές διαδικασίες του μεταβολισμού και της απέκκρισης (αποβολής).

Μεταβολισμός είναι η μετατροπή μίας χημικής ουσίας σε κάποια που είναι λιγότερο τοξική ή ο οργανισμός μπορεί να αποβάλει πιο εύκολα ή πιο γρήγορα. Μερικές φορές οι τοξίνες είναι πολύ δύσκολο έως αδύνατο να μεταβολιστούν και αυτό τις κάνει ιδιαίτερα τοξικές, όπως οι διοξίνες. Επίσης, μερικές φορές ο μεταβολισμός μπορεί να μετατρέψει μία ουσία χαμηλής τοξικότητας σε μία άλλη πιο τοξική. Πάντως, συνήθως οι μηχανισμοί αυτοί βοηθούν στην αποτοξίνωση και αποβολή σχεδόν όλων τους ουσιών που απειλούν την υγεία του οργανισμού.

Ο μεταβολισμός στον οργανισμό γίνεται στο ήπαρ όπου υπάρχει μία οικογένεια ενζύμων (κυτόχρωμα) που μεταβολίζει τις ουσίες που βρίσκονται στο αίμα. Αυτό είναι σημαντικό, γιατί οι μηχανισμοί αυτοί δεν μπορούν να επενεργήσουν σε τοξίνες που βρίσκονται στους ιστούς. Αυτές οι τοξίνες πρέπει να φύγουν από τους ιστούς και να φτάσουν στο αίμα.

Αφού οι τοξίνες μεταβολιστούν σε μορφές λιγότερο τοξικές ή που αποβάλλονται πιο εύκολα, έρχεται η σειρά της απέκκρισης. Ανάλογα με την τοξίνη, αυτή μπορεί να αποβάλλεται κυρίως από μία οδό, από περισσότερες ή από όλες. Συνήθως, το κύριο βάρος της απέκκρισης το αναλαμβάνουν οι νεφροί και το έντερο (μαζί με τις τοξίνες που αποβάλλονται από τη χολή). Οι πνεύμονες συντελούν σημαντικά όταν η τοξίνη μπορεί να αποβληθεί με την αναπνοή (όπως το αλκοόλ και μερικά προϊόντα από τον καπνό του τσιγάρου και γι’ αυτό μυρίζει η αναπνοή των καπνιστών). Το δέρμα συντελεί λιγότερο, εκτός αν οι υπόλοιποι μηχανισμοί υπερχειλίσουν και οι τοξίνωση γίνει σημαντική. Σε αυτήν την περίπτωση συχνά το δέρμα μπορεί να παρουσιάσει ερυθρότητα και ιατρικά περιγράφεται ως εξάνθημα.